Cách đây gần một thế kỷ, khi các bệnh truyền nhiễm phát triển nhanh chóng, do đó năm 1911 một cơ sở điều trị dành cho những bệnh nhân bị mắc các bệnh truyền nhiễm ở Cống Vọng thuộc tỉnh Hà Đông lúc bấy giờ ( nay là Hà Nội) được thành lập, và được gọi là Bệnh viện Lây Cống Vọng ( Hôpital des contagieux à Cống Vọng). Năm 1929 bệnh viện này được mở rộng thành một bệnh viện đa khoa mang tên Bệnh viện Robin, vừa khám chữa bệnh cho người Việt Nam vừa là cơ sở thực hành của Trường Y Dược, Khoa Đông Dương

(Bệnh viện lây Cống vọng năm 1911)

Đến năm 1930, khoa truyền nhiễm được thành lập và đến ngày 9-3-1945 Bệnh viện chính thức mang tên là Bệnh viện Bạch Mai.

Ngày 11/11/1989, Viện y học lâm sàng các bệnh nhiệt đới được thành lập theo quyết định số 706/BYT-QĐ của Bộ Y tế trên cơ sở xáp nhập 3 bộ phận: Khoa Truyền nhiễm, Khoa Vi sinh (Bệnh viện Bạch Mai) và Bộ môn Truyền nhiễm (Trường Đại học Y Hà Nội).

 Năm 2004 Viện được phong tặng danh hiệu Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới do thành tích xuất sắc đạt được trong chống dịch SARS. 

 Chủ tịch nước Trần Đức Lương trao tặng danh hiệu Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới cho Viện Y học lâm sàng các bệnh Nhiệt đới.

 Ngày 30/3/2006, Thủ tướng chính phủ ban hành quyết định số 487/QĐ-TTg thành lập Viện các Bệnh Truyền nhiễm và Nhiệt đới Quốc gia trực thuộc Bộ y tế. Lúc này bệnh viện có 120 giường bệnh và số cán bộ, công nhân viên là 75 biên chế, 20 HĐLĐ.

Ngày 13/11/2009, Bộ trưởng Bộ Y tế ký ban hành quyết định 4450/QĐ-BYT về việc đổi tên Viện các bệnh Truyền nhiễm và Nhiệt đới Quốc gia thành Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương trực thuộc Bộ Y tế.

Hiện nay Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương có quy mô 280 giường bệnh với tổng số CBCC là 282, ngoài ra có 08 CBCC Trường Đại học Y Hà Nội thường xuyên công tác tại Bệnh viện).

Với chiều dày lịch sử gần một thế kỷ, phát huy truyền thống yêu nước đoàn kết phấn đấu vì sức khỏe và hạnh phúc của nhân dân. Trong quá trình xây dựng và phát triển, đặc biệt là trong thời kỳ đổi mới Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương đã phát triển vượt bậc, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ chính trị mà Đảng, Nhà nước và nhân dân giao cho.

Với đội ngũ các nhà khoa học, các giáo sư, tiến sĩ, thạc sĩ, bác sĩ, y tá điều dưỡng, KTV có trình độ cao, với máy móc, trang thiết bị hiện đại và đồng bộ, Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương luôn là nơi khám chữa bệnh có chất lượng hàng đầu và tin cậy của người bệnh và nhân dân cả nước. Hàng năm số lượng bệnh nhân đến khám ngày càng tăng dần, trong 6 tháng đầu năm 2006 số bệnh nhân tới khám là 9127, đến năm 2007 là 15.227, năm 2008 là 17.896 và năm 2009 số bệnh nhân rất lớn là 51.874. Với số lượng bệnh nhân tăng lên nhanh chóng đặc biệt là phải đối phó với các dịch bệnh mới nổi và tái nổi, tháng…./2009 Chính phủ và Bộ Y tế đã quyết định xây Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương mới với quy mô 1000 giường và dự kiến đưa vào hoạt động vào năm 2015.

Phối cảnh tổng thể bệnh viện mới với 1000 giường đang được tiến hành các thủ tục xây dựng tại xã Kim Chung, Đông Anh, Hà Nội.