1. Khám, chữa bệnh và phục hồi chức năng:
a) Là tuyến cao nhất tiếp nhận, khám, cấp cứu, chữa bệnh và phục hồi chức năng cho bệnh nhân mắc các bệnh truyền nhiễm và nhiệt đới từ các tuyến gửi đến.
b) Tư vấn các vấn đề liên quan tới bệnh truyền nhiễm và nhiệt đới.
c) Phối hợp với các cơ sở y tế khác khám sức khỏe cho các đối tượng đi công tác, học tập, lao động ở nước ngoài và kết hôn với người nước ngoài.
d) Khám, chữa bệnh chuyên khoa cho người nước ngoài.
đ) Tham gia khám giám định y khoa theo yêu cầu của Hội đồng Giám định Y khoa trên cơ sở phân cấp của Bộ Y tế.
e) Phục hồi chức năng sau điều trị và phục hồi chức năng cộng đồng cho bệnh nhân thuộc chuyên khoa.
g) Khám, chữa một số bệnh thông thường khi đủ điều kiện.
h) Thực hiện các nhiệm vụ khác theo sự phân công của Bộ Y tế.

2. Phòng chống các dịch bệnh:
a) Phối hợp với các cơ sở y tế trên địa bàn để phát hiện, dự phòng, ngăn chặn, hạn chế lây lan, dập tắt dịch bệnh, đặc biệt là dịch nguy hiểm và dịch mới phát sinh.
b) Tổ chức thực hiện chương trình phòng bệnh các bệnh truyền nhiễm và nhiệt đới, tham gia công tác chỉ đạo phòng chống dịch bệnh trong phạm vi toàn quốc theo sự phân công của Bộ Y tế.
c) Chuẩn bị cơ sở để sẵn sàng tiếp nhận, cách ly bệnh nhân, khống chế dịch bệnh và chủ động đề xuất với cấp có thẩm quyền dự trữ các nguồn lực để kịp thời chống dịch nếu có dịch xảy ra.

3. Nghiên cứu khoa học:
a) Nghiên cứu khoa học và hợp tác nghiên cứu về dịch tễ học lâm sàng, các yếu tố liên quan đến lây truyền bệnh nhằm xây dựng các biện pháp phòng, chống các bệnh truyền nhiễm và nhiệt đới, các dịch bệnh nguy hiểm, tối nguy hiểm, các  bệnh dịch mới phát sinh.
b) Nghiên cứu mô hình bệnh tật, xây dựng quy trình kỹ thuật, các phương pháp chẩn đoán, phác đồ điều trị, dự phòng, phục hồi chức năng thuộc chuyên ngành các bệnh truyền nhiễm và nhiệt đới thống nhất áp dụng trong phạm vi cả nước.
c) Tham mưu cho Bộ trưởng Bộ Y tế về định hướng công tác nghiên cứu khoa học trong chuyên ngành các bệnh truyền nhiễm và nhiệt đới.
d) Nghiên cứu ứng dụng, chuyển giao công nghệ, thử nghiệm lâm sàng và triển khai các dịch vụ khoa học kỹ thuật tiên tiến thuộc chuyên ngành các bệnh truyền nhiễm và nhiệt đới nhằm nâng cao sức khỏe nhân dân.
e) Chủ trì và tham gia thực hiện các công trình nghiên cứu khoa học cấp cơ sở, cấp Bộ, cấp Nhà nước; Tổ chức các Hội nghị khoa học cấp Bệnh viện, ngành, khu vực, quốc tế.
f) Tổ chức các chương trình hợp tác nghiên cứu khoa học trong nước và hợp tác quốc tế với nước ngoài theo sự phân công của Bộ Y tế.

4. Đào tạo cán bộ:
a) Là cơ sở thực hành về chuyên khoa các bệnh truyền nhiễm và nhiệt đới của Trường Đại học Y Hà Nội, một số trường Đại học, Cao đẳng, Trung học Y, Dược khác.
b) Đào tạo và tham gia đào tạo cán bộ chuyên khoa ở bậc Sau đại học, Đại học, Cao đẳng và Trung học khi được cấp có thẩm quyền cho phép.
c) Đào tạo liên tục và đào tạo nâng cao trình độ cho cán bộ, công chức, viên chức trong Bệnh viện và các cơ sở y tế khác có nhu cầu.
d) Đào tạo các học viên nước ngoài đến học tập, nghiên cứu tại Bệnh viện.
đ) Biên soạn, phát hành báo chí và tạp chí chuyên khoa, cổng thông tin điện tử, tài liệu tham khảo phù hợp với với chương trình đào tạo của Bệnh viện theo quy định.

5. Chỉ đạo tuyến:
a) Giúp Bộ trưởng Bộ Y tế chỉ đạo chuyên môn, kỹ thuật thuộc chuyên ngành các bệnh truyền nhiễm và nhiệt đới; đề xuất phương hướng, kế hoạch, biện pháp củng cố, phát triển  mạng lưới chuyên khoa trên phạm vi cả nước.
b) Chuyển giao và hỗ trợ các kỹ thuật chuyên môn cho tuyến đưới; tổ chức kiểm tra, giám sát việc thực hiện các quy trình, tiêu chuẩn kỹ thuật chuyên môn đối với các cơ sở khám, chữa bệnh chuyên ngành truyền nhiễm và nhiệt đới trên phạm vi cả nước.
c) Chỉ đạo, tham gia hỗ trợ tuyến dưới tổ chức triển khai các chương trình, dự án liên quan tới chuyên ngành các bệnh truyền nhiễm và nhiệt đới.
d) Tham gia phòng chống, sẵn sàng ứng phó, khắc phục thiên tai, thảm họa.

6. Hợp tác quốc tế:
a) Chủ động khai thác, thiết lập mối quan hệ hợp tác, trao đổi kinh nghiệm và trao đổi chuyên gia về khám chữa bệnh, nghiên cứu khoa học, đào tạo cán bộ với các cơ sở khám chữa bệnh của nước ngoài; xây dựng các dự án đầu tư liên doanh, liên kết với các nước và các tổ chức quốc tế theo quy định của pháp luật.
b) Xây dựng kế hoạch đoàn ra, đoàn vào theo chương trình hợp tác quốc tế của Bệnh viện; cử cán bộ, viên chức đi học tập, nghiên cứu, công tác ở nước ngoài, nhận giảng viên, học viên là người nước ngoài đến nghiên cứu, trao đổi kinh nghiệm và học tập tại Bệnh viện; quản lý đoàn ra, đoàn vào trong phạm vi hoạt động của Bệnh viện theo quy định hiện hành.
c) Tổ chức các hội nghị, hội thảo, các lớp học quốc tế về các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Bệnh viện theo quy định của pháp luật.

7. Quản lý đơn vị :
a) Quản lý và sử dụng có hiệu quả các nguồn lực của đơn vị, sắp xếp tổ chức bộ máy, biên chế, quản lý cán bộ, viên chức, lao động, tiền lương, tài chính, vật tư, trang thiết bị kỹ thuật của đơn vị theo quy định của nhà nước.
b) Tổ chức thực hiện nghiêm chỉnh các quy định của pháp luật về thu, chi ngân sách; thực hiện tốt quản lý tài chính theo các quy định của pháp luật đối với đơn vị sự nghiệp có thu.
c) Triển khai và mở rộng các dịch vụ khoa học kỹ thuật, đào tạo, hợp tác với các cơ quan trong nước và quốc tế theo quy định của pháp luật để hỗ trợ hoạt động chuyên môn, tăng nguồn kinh phí, cải thiện đời sống cán bộ, viên chức;
d) Thực hiện tốt chủ trương xã hội hóa ngành y tế của Đảng và Nhà nước để huy động nguồn vốn trong xã hội nhằm đầu tư, nâng cấp Bệnh viện đúng pháp luật.