Là cơ sở y tế hàng đầu của miền Bắc trong điều trị các bệnh truyền nhiễm, năm 2009, Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương đã có nhiều thành công trong công tác chuyên môn. Trên cơ sở những kết quả đã đạt được, Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương đã lựa chọn 10 sự kiện tiêu biểu của Bệnh viện trong năm 2009 đó là:

1. Quận ủy quận Đống Đa (thành phố Hà Nội) quyết định nâng cấp “Chi bộ Viện các Bệnh truyền nhiễm và Nhiệt đới Quốc gia” lên “Đảng bộ Viện các Bệnh truyền nhiễm và Nhiệt đới Quốc gia” (nay đổi tên là Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương) theo Quyết định số 735/QĐ- QU- TVQU ngày 31/12/2008.

2. Năm 2009, Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương đã tổ chức phòng chống thành công 4 vụ dịch lớn: Dịch tiêu chảy cấp, dịch sốt phát ban dạng sởi, dịch cúm A/H1N1, dịch sốt Dengue và xuất huyết Dengue.

3. Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương phát hiện ca bệnh cúm A/H1N1 đầu tiên ở khu vực phía bắc ngày 9/6/2009 kết quả xét nghiệm RT- PCR (+). Tập thể thầy thuốc của Bệnh viện đã tập trung cứu chữa, điều trị thành công nhiều bệnh nhân cúm A/H1N1 theo phác đồ của Bộ Y tế.

4. Thủ tướng Chính phủ cho phép đổi tên “Viện các Bệnh truyền nhiễm và Nhiệt đới Quốc gia” thành “Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương” theo Quyết định số 1784/QĐ- TTg ngày 12/11/2009 và Quyết định số 4450/QĐ- BYT ngày 13/11/2009 của Bộ trưởng Bộ Y tế về việc đổi tên Viện các Bệnh truyền nhiễm và Nhiệt đới Quốc gia thành Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương.

5. Được Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội chấp thuận địa điểm đầu tư Dự án cấp đất xây dựng Bệnh viện mới tại xã Kim Chung, huyện Đông Anh theo văn bản số 9775/UBND- LĐCSXM ngày 9/10/2009.

6. Được Bộ Y tế cho phép tiếp tục thực hiện Dự án xây dựng mở rộng diện tích tại cơ sở cũ nằm trong khuôn viên Bệnh viện Bạch Mai theo văn bản số 8585/BYT- TB- CT ngày 7/12/2009.

7. Được Bộ trưởng Bộ Y tế tặng Bằng khen có thành tích xuất sắc trong việc thực hiện Dự án 1816 của Bộ Y tế theo Quyết định số 4614/QĐ- BYT ngày 24/11/2009.

8. Đạt 96,79%, xếp loại bệnh viện xuất sắc toàn diện năm 2009 trong đợt Bộ Y tế kiểm tra theo Quyết định số 2866/QĐ- BYT ngày 10/8/2009.

9. Công tác chỉ đạo tuyến của Bệnh viện thực hiện tại 21 tỉnh, thành phố trong phạm vi cả nước về công tác phòng chống dịch, nội dung phong phú, hiệu quả.

10. Bệnh viện có sáng kiến giảm quá tải bệnh viện, tránh lây lan dập tắt ổ dịch bằng việc hợp tác với các bệnh viện khu vực Hà Nội và các tỉnh lân cận, chuyển vài nghìn bệnh nhân cúm A/H1N1 đến cơ sở điều trị tại chỗ.