Quá trình hình thành, phát triển
Cách đây gần một thế kỷ, khi các bệnh truyền nhiễm phát triển nhanh chóng, do đó năm 1911 một cơ sở điều trị dành cho những bệnh nhân bị mắc các bệnh truyền nhiễm ở Cống Vọng thuộc tỉnh Hà Đông lúc bấy giờ ( nay là Hà Nội) được thành lập, và được gọi là Bệnh viện Lây Cống Vọng ( Hôpital des contagieux à Cống Vọng). Năm 1929 bệnh viện này được mở rộng thành một bệnh viện đa khoa mang tên Bệnh viện Robin, vừa khám chữa bệnh cho người Việt Nam vừa là cơ sở thực hành của Trường Y Dược, Khoa Đông Dương.
Đến năm 1930, khoa truyền nhiễm được thành lập và đến ngày 9-3-1945 Bệnh viện chính thức mang tên là Bệnh viện Bạch Mai.
Ngày 11/11/1989, Viện y học lâm sàng các bệnh nhiệt đới được thành lập theo quyết định số 706/BYT-QĐ của Bộ Y tế trên cơ sở xáp nhập 3 bộ phận: Khoa Truyền nhiễm, Khoa Vi sinh (Bệnh viện Bạch Mai) và Bộ môn Truyền nhiễm (Trường Đại học Y Hà Nội).
Năm 2004 Viện được phong tặng danh hiệu Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới do thành tích xuất sắc đạt được trong chống dịch SARS.