Tiền thân là Viện Y học lâm sàng các bệnh Nhiệt đới, qua 13 năm phát triển, Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới trung ương đã lớn mạnh cả về lượng và chất. Từ 1 tòa nhà 120 giường bệnh ban đầu đến nay Bệnh viện đã phát triển thành 2 cơ sở (tại 78 Giải Phóng, Hà Nội và tại Thôn Bầu xã Kim Chung, huyện Đông Anh, Hà Nội) Năm 2014 cơ sở Kim Chung bắt đầu được đưa vào hoạt động. Ngày 26/06/2018, Bộ Y tế đã ra chính thức cấp giấy phép hoạt động khám chứa bệnh đa khoa cho cơ sở Kim Chung.
